Trường THPT Trần Thánh Tông được thành lập theo quyết định số 2043/QĐ-UBND, ngày 08/03/2013 của UBND Thành phố Hà Nội, đảm bảo các yêu cầu về cơ cấu tổ chức quy định tại Thông tư số 12/2011/TT-BGDĐT ngày 28/3/2011 về việc Ban hành Điều lệ trường THCS, trường THPT và trường PT có nhiều cấp học, Thông tư số 13/2011/TT-BGDĐT ngày 28/3/2011. Về tổng số cán bộ quản lý, giáo viên, nhân viên phục vụ của trường là 38 người, 100% đạt trình độ chuẩn, trong đó 95% cán bộ quản lý, giáo viên có trình độ trên chuẩn.